В 2003 году группа приступила к работе над самым амбициозным, самым масштабным своим проектом. Даниель Гильденлёв разрабатывал концепцию BE с 1996 года, и к 2003-му этот почти философский труд о существовании Бога, судьбе человечества, о бытии в целом обрел окончательную форму. Перед записью группа дала несколько концертов в Эскильстюне, где полностью исполняла BE с костюмированными постановками, декорациями, с большим экраном на сцене и специально приглашенным оркестром из девяти человек The Orchestra of Eternity. В феврале 2004 года началась запись BE, а уже в сентябре он попал в руки меломанов. Альбом произвел фурор во всем мире, став настоящим шедевром с своем жанре. В 2005-ом был выпущен DVD и концертный альбом BE (Original Stage Production), содержавший запись одного из тех театрализованных выступлений в Эскильстюне.
К 2005 году у группы появились фан-клубы в Германии, Франции, Греции, Нидерландах и США, а многие признанные классики прогрессивного рока называли Pain of Salvation одной из своих любимых групп. Тогда же Даниель Гильденлёв заявил, что группа не посетит более США, так как, по его мнению, снятие отпечатков пальцев у иностранцев перед въездом в эту страну ущемляет его права. 21 февраля 2001 Кристоффер Гильденлёв ушел из группы по причине безразличного отношения: он не приходил на репетиции, отстранился от остальных участников и больше занимался своим сольным проектом. Переехав в Нидерланды со своей женой, он участвовал в записи группы Dial.
В середине 2006-го группа приступила к записи нового альбома Scarsick. Партии бас-гитары были записаны Даниелем, а роль нового басиста Pain of Salvation после выхода альбома занял Саймон Андерссон. Scarsick был выпущен 22 января 2007 года и стал, пожалуй, самым экспериментальным альбомом группы — его музыкальный материал варьируется от рэпа до диско. Вскоре поклонники узнали, что Scarsick — ни что иное, как The Perfect Element, Part 2. Именно эту надпись можно разглядеть на внутренней стороне обложки диска. Позже это подтвердил и сам Даниэль.
Концерт в Амстердаме 2 марта 2007-го был записан для DVD, который вышел в начале 2008 года. 29 апреля 2007-го было официально объявлено об уходе из группы Йохана Лангелля — по его словам, он не мог больше ездить на гастроли и целыми днями пропадать на репетициях, так как хотел полностью посвятить себя семье.
Настоящем событием стал концерт группы в Москве, 25 февраля 2008 года в клубе Апельсин. Выступление было впечатляющим, Даниель приятно удивился такой отдаче от публики и обещал вернуться как можно скорее.
Летом 2009 появилась первая информация о грядущем альбоме, выпуск которого задержало банкротство звукозаписывающей компании SPV, под чьим руководством находится прогрессивный лейбл InsideOut Music. Но лейбл был быстро куплен компанией Century Media, что позволило продолжать запись альбома. 3-го сентября стало известно название нового альбома Road Salt с запланированным релизом в начале 2010 года. Так же 14-го ноября состоится релиз EP Linoleum с 5 новыми треками и один кавер Yellow Raven (Scorpions). В конце января был выпущен видеоклип на песню Linoleum. В связи с расширением концепции альбома было принято решение разделить его на две части: Ebony и Ivory.
17 мая 2010 вышла первая часть Road Salt с измененным названием — Road Salt One. Даниэль Гилденлёв описал этот альбом как джемовый, будто некоторые песни были записаны живьём в репетиционной комнате. Концепция Road Salt заключалась нескольких параллельных историях (не вымышленных и не автобиографических), где главная смысл — выбор, который люди делают в своей жизни.
30 марта 2011, перед выходом второй части Road Salt был снят видеоклип на песню Where It Hurts, который содержал интимные, по мнению YouTube, сцены и был быстро заблокирован и исправлен.