В 2003 году группа приступила к работе над самым амбициозным, самым масштабным своим проектом. Даниель Гильденлёв разрабатывал концепцию BE с 1996 года, и к 2003-му этот почти философский труд о существовании Бога, судьбе человечества, о бытии в целом обрел окончательную форму. Перед записью группа дала несколько концертов в Эскильстюне, где полностью исполняла BE с костюмированными постановками, декорациями, с большим экраном на сцене и специально приглашенным оркестром из девяти человек The Orchestra of Eternity. В феврале 2004 года началась запись BE, а уже в сентябре он попал в руки меломанов. Альбом произвел фурор во всем мире, став настоящим шедевром с своем жанре. В 2005-ом был выпущен DVD и концертный альбом BE (Original Stage Production), содержавший запись одного из тех театрализованных выступлений в Эскильстюне.
К 2005 году у группы появились фан-клубы в Германии, Франции, Греции, Нидерландах и США, а многие признанные классики прогрессивного рока называли Pain of Salvation одной из своих любимых групп. Тогда же Даниель Гильденлёв заявил, что группа не посетит более США, так как, по его мнению, снятие отпечатков пальцев у иностранцев перед въездом в эту страну ущемляет его права. 21 февраля 2001 Кристоффер Гильденлёв ушел из группы по причине безразличного отношения: он не приходил на репетиции, отстранился от остальных участников и больше занимался своим сольным проектом. Переехав в Нидерланды со своей женой, он участвовал в записи группы Dial.
В середине 2006-го группа приступила к записи нового альбома Scarsick. Партии бас-гитары были записаны Даниелем, а роль нового басиста Pain of Salvation после выхода альбома занял Саймон Андерссон. Scarsick был выпущен 22 января 2007 года и стал, пожалуй, самым экспериментальным альбомом группы — его музыкальный материал варьируется от рэпа до диско. Вскоре поклонники узнали, что Scarsick — ни что иное, как The Perfect Element, Part 2. Именно эту надпись можно разглядеть на внутренней стороне обложки диска. Позже это подтвердил и сам Даниэль.
Концерт в Амстердаме 2 марта 2007-го был записан для DVD, который вышел в начале 2008 года. 29 апреля 2007-го было официально объявлено об уходе из группы Йохана Лангелля — по его словам, он не мог больше ездить на гастроли и целыми днями пропадать на репетициях, так как хотел полностью посвятить себя семье.
Настоящем событием стал концерт группы в Москве, 25 февраля 2008 года в клубе Апельсин. Выступление было впечатляющим, Даниель приятно удивился такой отдаче от публики и обещал вернуться как можно скорее.
Летом 2009 появилась первая информация о грядущем альбоме, выпуск которого задержало банкротство звукозаписывающей компании SPV, под чьим руководством находится прогрессивный лейбл Inside Out Music. Но лейбл был быстро куплен компанией Century Media, что позволило продолжать запись альбома. 3 сентября 2009 стало известно название нового альбома Road Salt с запланированным релизом в начале 2010 года. Так же 14 ноября 2009 состоится релиз EP Linoleum с 5 новыми треками и один кавер Yellow Raven (Scorpions). В конце января был выпущен видеоклип на песню Linoleum. В связи с расширением концепции альбома было принято решение разделить его на две части: Ebony и Ivory.
17 мая 2010 вышла первая часть Road Salt с измененным названием — Road Salt One. Даниэль Гилденлёв описал этот альбом как джемовый, будто некоторые песни были записаны живьём в репетиционной комнате. Концепция Road Salt заключалась нескольких параллельных историях (вымышленных и небиографических), где главная смысл — выбор, который люди делают в своей жизни. Цитируем Даниэля:
Road Salt — это не хронологическая история, как в других альбомах. Это как несколько параллельных историй, и когда вы смотрите на них вместе, они начинают вибрировать с одинаковой скоростью или частотой, и вот тогда вы получаете историю... Вся идея в том, чтобы сравнить ситуации или цепочки событий, сравнить их с дорогами и выбрать, по какой дороге вы хотите пойти, и дороги приведут вас в разные места... по какой бы дороге вы ни ехали в разные моменты фильма, это будут ключевые кадры. В этом месте вы можете увидеть вещи с другой точки зрения, чем обычно. Многие из этих песен являются ключевыми кадрами и своего рода сингулярностями и особыми точками на разных дорогах от всех этих разных людей, делающих разные вещи. Именно здесь все соединяется.
30 марта 2011, перед выходом второй части Road Salt Two был снят видеоклип на песню Where It Hurts, который содержал интимные, по мнению YouTube, сцены и был быстро заблокирован и исправлен (но на нашем сайте вы можете посмотреть полную версию видеоклипа).
В конце 2011 года состав группы претерпел значительные изменения: сначала Йохан Халлгрен, а потом Фредрик Херманссон покинули группу. Место клавишника занял гастролирующий басист Даниэль Карлссон, Густав Хильм вернулся на бас-гитару, а молодой исладнский музыкант Рагнар Золберг присоединился в качестве гитариста
В январе 2014 года группа выпустила Falling Home, акустический альбом, содержащий переосмысленные версии песен, две кавер-версии и одноименную новую песню. В это же время Даниэль Гилденлёв заразился опасной для жизни плотоядной бактерией. Госпитализированный в Уппсале, Швеция, он был вынужден отказаться от участия в туре KaLIVEoscope группы Transatlantic, а так же найти замену для выступления на Progressive Nation at Sea 2014. Уже летом 2014 года Даниэль смог вернуться на сцену, выступив на Sweden Rock Festival 2014.
В 2016 году группа выпустила двухдисковое издание Remedy Lane Re:lived, включающее в себя ремастер версию оригинального альбома 2002 года, а так же концертное версию альбома, записанную вовремя фестиваля ProgPower USA 2016.
В ноябре 2016 выпущен видеоклип на песню Meaningless и анонсирован новый альбом. In the Passing Light of Day был выпущен 13 января 2017 года и посвящен психоэмоциональным переживаниям, которые испытал Даниэль в результате болезни. В одном из интервью Даниэль отметил, что поклонники его музыки были одним из факторов скорого восстановления после болезни (это заняло более полугода — с января по август 2014). Вся музыка была написана Даниэлем в соавторстве с Рагнаром Золбергом. Буквально через пять месяцев после релиза Даниэль объявил об уходе из группы бас-гитариста Рагнара Золберга в связи с личным конфликтом, а так же поспешное возвращение гитариста Йохана Халлгрена.
В 2020 году группа объявила о выпуске нового альбома Panther. Предварительно был выпущен видеоклип и сингл под названием Accelerator. В интервью журналу Metal Injection от 19 августа 2020 г. Даниэль Гилденлёв поясняет, что альбом скрывает обширную метафору: вначале хотел использовать автомобили для иллюстрации различия между людьми, но в конечном итоге решил использовать метафору с пантерой, подразумевая людей, которые не соответствуют норме общества, но которые могут быть весьма уникальными и способными в своем контексте. Вдохновение для использования пантеры как метафоры пришло после посещения зоопарка, где Гилденлёв увидел пантеру, которая, несмотря на свою внешнюю безвластность, выглядела уверенно и властно.
Вскоре после релиза Густав Хильм объявил о том, что покидает состав Pain of Salvation по причине плотного гастрольного графика.
В конце 2022 года появились сообщения о том, что группа работает над новым альбомом под рабочим названием Tales from the Deep End.